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Nacido en Zestoa, residió durante varios años en Zumaia. Trabajaba de cocinero en el Balneario de Zestoa cuando el 17 de julio de 1936 se produjo el golpe de Estado contra la República, dando comienzo a la Guerra Civil. Miembro de las Juventudes Comunistas en Irún, tenía tan solo 18 años cuando encontró la muerte frente a un muro del caserío de Pikoketa, en Irún.
Nacido en Zestoa el 14 de diciembre de 1917, José María era el sexto hijo de Francisco Arruti y Francisca Salegi. La familia se trasladó a Zumaia mediada la década de 1910 y a mediados de la década de 1920 se mudaron a Irún.
Miembro de las Juventudes Comunistas de la ciudad fronteriza, José María Arruti formó parte del grupo de milicianos iruneses que en los días siguientes al golpe militar trataron de hacer frente a las tropas nacionales que, enviadas por el general Emilio Mola desde Pamplona, perseguían blindar la frontera y asediar la capital guipuzcoana.
Los milicianos tomaron posiciones en montes cercanos a Irún: Saroia, San Marcial, Zubeltzu y Pikoketa, entre otros. Esta última estaba defendida por quince milicianos; entre ellos se hallaba José María Arruti. Una ametralladora era su única defensa contra las tropas de Mola. «Pikoketa era la posición republicana más avanzada. Permitía vigilar y hostigar a las tropas sediciosas con relativa facilidad. Pikoketa fue un auténtico baluarte de defensa miliciana», recuerda Jon Gutiérrez.
El 11 de agosto de 1936, el coronel Solchaga, jefe de las fuerzas sediciosas, ordenó a sus columnas bien pertrechadas con piezas de artillería, la ocupación de la línea Aia-Erlaitz-Pagogaina. Fue el inicio de la ofensiva de las tropas nacionales sobre el sector de Irún.
Tras una marcha nocturna, los requetés abordaron la posición de Pikoketa. Los milicianos se disponían a desayunar cuando desde la niebla recibieron varias ráfagas de ametralladora. Fue el comienzo del asalto.
De los quince jóvenes que defendían la posición, trece (nueve voluntarios, de entre 17 y 25 años, y cuatro carabineros) fueron hechos prisioneros y fusilados inmediatamente contra las paredes del caserío. Dos lograron escapar. Uno de ellos, Alejandro Colina, logró esconderse bajo un matorral y escuchó las conversaciones y cómo fusilaron a sus compañeros. José María Arruti, vecino de Zumaia en su niñez, fue uno de los milicianos que fue acribillado por las balas. «Su delito, haber cumplido con el deber de defender el gobierno legítimo y democrático de la República frente a los golpistas», denuncia Gutiérrez.
Inicio del fin
La caída de Pikoketa supuso el inicio del fin de la caída del sector guipuzcoano de Irún y, consiguientemente, de Donostia.