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A pesar de ser civil se distinguió en la guerra del 36 como jefe militar. Fue uno de los dirigentes de la defensa de Irún al comienzo del alzamiento, luchando al frente de un grupo de trabajadores iruneses que formaron la base del futuro Batallón Rosa Luxemburgo, de filiación comunista como el propio Errandonea.
Tras la caída de Irún en poder de las columnas nacionales, dirigió con el comandante García Ezcurra un contraataque por la reconquista de la posición de San Marcial y, desde allí, de la línea fronteriza, ataque que fue rechazado. Al frente de Rosa Luxemburgo luchó con valor e inteligencia en Bizkaia.
Defendió hasta el último momento su posición en Errenteria, en el flanco izquierdo de Gernika.
Al organizarse el ejército vasco en Brigadas se le dio el mando de la VI, compuesta por los Batallones Rosa Luxemburgo, UGT n.° 13, Amuategi y Rebelión de la Sal. Con esta Brigada contraatacó en Peña Lemona, logrando recuperar la cumbre, y, tras la rotura del cinturón de Bilbao, en el Urrusti, posición que igualmente recuperó.
En este último combate resultó herido en un pie, siendo sustituido en el mando por el voluntario italiano Nino Nanetti. Tras la pérdida de Bizkaia y retirada a Santander se le dio el mando de la II División.
Según el periodista G. L. Steer fue una de las revelaciones civiles de la guerra.
Manuel Cristóbal Errandonea (Centro). El final del Frente Norte